我国现行的三大诉讼制度，即刑事诉讼制度、民事诉讼制度和行政诉讼制度。它们之间不仅在证据形式上有所差别，在证明责任上更是存在着较大的差异。这无论是在理论上或在实践中都是一个非常复杂，而又需要深入进行探讨的问题。从维护实体权利的角度来讲，提供证据，是诉讼参加者在诉讼上的一种权利；从诉讼法律关系角度讲，提供证据，又是当事人在诉讼上的责任。然而，由于诉讼的性质不同，在证明责任的主体，承担责任的大小以及审判机关在证明中的地位、责任等都有所不同。三种诉讼制度在证明责任上的区别，主要有以下几点：
一、证明责任的主体不同
证明责任的主体，是指在诉讼活动中，收集和提出证据证明案件事实的责任由谁承担。在我国，不同性质的诉讼其诉讼主体亦不相同。我国刑事诉讼中的公诉案件，根据我国刑事诉讼法第43条的规定："审判人员、检察人员、侦查人员必须依照法定程序，收集能够证实犯罪嫌疑人、被告人有罪或者无罪、犯罪情节轻重的各种证据。"证明责任的主体由公安、检察、审判三机关共同负担。犯罪嫌疑人、被告人没有证明自己有罪的义务，但有为自己无罪、罪轻进行辩护的权利。而刑事诉讼中的自诉案件，原则上由自诉人担负证明责任，自诉人向人民法院提出控告时，必须提供证据，被告人不负证明责任。根据法律的规定，人民法院在自诉案件中也可以主动收集证据，不受自诉人或反诉人所提供的证据之限制。因此，人民法院在自诉案件中也负有一定的证明责任。
我国民事诉讼中证明主体与刑事诉讼中的证明主体完全不同。根据我国民事诉讼法第64条的规定："当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。"有鉴于此，民事诉讼中证明责任的主体乃是当事人。例如，原告主张某种权利就应当对自己权利形成的事实，这种权利存在障碍的事实以及自己权利被侵害的事实等等提出证据加以证明。而被告人及第三人对原告所主张的权利并不存在或已变更、已消灭的事实以及自己所主张的事实则应负证明责任，应提出证据加以证明。由此可见，民事诉讼中，几乎完全贯彻了"谁主张，谁举证"的原则，证明责任的主体是双方当事人。虽然法律规定，人民法院应当按照法定程序全面地、客观地审查、核实证据，而不是主动收集证据，但这并非法院在民事诉讼中也是证明责任的主体。法院审查、核实证据的目的是为了评定和确定证据，以利作出正确地裁判。这与刑事诉讼中法院可以依职权收集证据，承担一定程度的证明责任是完全不同的。
我国行政诉讼中证明责任的主体问题，行政诉讼法第32条规定："被告对作出的具体行政行为负举证责任，应当提供作出该具体行政行为的证据和所依据的规范性文件。"由此可见，行政诉讼中证明责任的主体与刑事、民事诉讼相比较有很大的区别，不适用"谁主张，谁举证"的原则，证明责任出现倒置现象，即由被告人承担。这是由行政诉讼的特殊性所决定的。这是因为，在行政诉讼中诉讼的标的是具体行政行为，这就决定了行政机关对作出的具体行政行为有义务提供证据（或规范性文件），以证明自己具体行政行为的正确性。当然，原告在主体的适格性即是否具有原告资格，起诉标的的合法性等方面承担证明责任。
二、证明责任主体所承担的责任程度不同
由于刑事诉讼、民事诉讼和行政诉讼所要解决的中心问题不同，证明责任的主体不同。因此，证明责任的承担程度也有所不同。刑事诉讼要解决的中心问题是被告人的刑事责任。公诉案件的证明责任由司法机关承担，自诉案件的证明责任由自诉人承担。然而，在公诉案件中，司法机关的证明责任有其自身的特点。我国宪法和有关法律赋予司法机关负有揭发犯罪、证实犯罪的职责。一方面，司法机关有权调查、收集和获取证据，证明案件事实和有关事实的责任；另一方面，司法机关还有权审查、判断证据并做出结论的责任。因此，司法机关的证明责任与其法律赋予的职权是相一致的。也可以说，这种证明责任是基于其职权而产生的。司法机关要代表国家行使侦查权、检察权和审判权，他们就必须去收集、调查证据，以充分的证据揭露犯罪、证实犯罪，这既是他们的权限，又是他们的责任。这种职权是对其证明责任的有效保障。正因如此，作为刑事诉讼主体的司法机关假如不履行证明责任时，不仅要承担不利裁判的危险，而且应当承担失职的责任，会受到职权机制的制约。
刑事诉讼中的自诉案件，自诉人负有举证责任，正如我国刑事诉讼法第171条第1款第2项的规定那样："缺乏罪证的自诉案件，如果自诉人提不出补充证据，应当说服自诉人撤回自诉或者裁定驳回。"这就是说，自诉人如果提不出证据证明自己的控诉，不仅不能胜诉，而且还要承担被裁定驳回的危险。
在民事诉讼中证明责任由当事人承担，根据"谁主张，谁举证"的原则，原告当事人一方应当负有收集、提出证据证明案件事实的证明责任，否则就会蒙受不利裁判，承担败诉的危险。刑事附带民事诉讼的原告人，对其所主张的民事权益也同样负有证明责任。同时，对国家财产、集体财产遭受损失的，刑事诉讼法第77条第2款规定："人民检察院在提起公诉的时候，可以提起附带民事诉讼。"检察机关虽然仅仅是引起附带民事诉讼法关系发生的程序意义上的原告人。但是，对它所提出的民事诉讼主张，同样应提出证据证明案情，否则，也要承担败诉的危险。
在行政诉讼中证明责任的被告人，行政诉讼法第32条规定：被告人应当提供作出该具体行政行为的证据和所依据的规范性文件。如果被告人不愿提供或提不出该具体行政行为的证据和所依据的规范性文件，那么就要蒙受不利判决或败诉。行政诉讼中的原告人并不是证明责任的义务人和承担者，在诉讼过程中可以向法院提供证据以证明某种具体行政行为的无根据性和违法性，但这只是他的权利，并非其义务。如果原告人不愿提供或提不出证据，人民法院不能以此作出使原告人蒙受不利判决或败诉的危险。
三、人民法院在不同性质诉讼中证明责任不同
我国人民法院在诉讼中，既不采用封建社会制度下的"绝对职权主义"的形式，也不采取资本主义国家所流行的"当事人主义"的诉讼形式。人民法院在办案中，既要听取控诉，原告一方的意见，又要听取被告一方的反驳和答辩意见，还要进行必要的调查核实，收集证据的活动。其目的是为了进行正确的裁判，保证办案质量。
但是，人民法院在不同性质的诉讼中与证明责任的关系上却不相同。在刑事诉讼中人民法院承担着证明责任，这为我国刑事诉讼法明文规定。刑事诉讼法第43条规定："审判人员、检察人员、侦查人员必须依照法定程序，收集能够证实犯罪嫌疑人，被告人有罪或者无罪，犯罪情节轻重的各种证据……"这实际是将刑事诉讼的证明责任的内涵具体化为三个方面的内容，即取证责任、举证责任、审证责任。而审证责任主要由审判机关承担，举证责任主要由公诉机关承担，取证责任主要由侦查机关承担。因此，人民法院是刑事诉讼证明责任的承担者。
人民法院在民事诉讼中是否应承担证明责任呢？根据我国民事诉讼法"当事人对自己的主张，有责任提供证据"的规定，人民法院在民事诉讼中不承担证明责任。至于在民事诉讼法中还规定"人民法院应当按照法定程序，全面地、客观地审查核实证据"，"人民法院有权向有关单位和个人调查取证，有关单位和个人不得拒绝"。是否意味着法院是民事诉讼证明责任的主体呢？我认为不是的。这并非是法院具有证明责任的法律依据，而是人民法院行使审判权的一种体现，是保证审判质量的法律要求。
人民法院在行政诉讼中不负有证明责任这是由行政案件的特殊性决定的。人民法院审理行政诉讼案件，是司法机关监督行政机关依法行政的重要措施，是审判机关对行政机关所作出的具体行政行为进行法律上的审查和评判的一种活动。不论法院对具体行政行为作出肯定或否定的裁判，都是对行政机关进行的一种监督。因此，证明责任只能由作出具体行政行为的被告人承担，法律并没有要求人民法院必须在行政诉讼中承担法律责任的规定。